Đến tháng 6/1833, Lê Văn Khôi nổi loạn, giết Bố chính Bạch Xuân Nguyên và Tổng đốc Nguyễn Văn Quế, chiếm lấy thành Gia Định rồi mở rộng chiếm nốt các tỉnh Nam Kỳ. Vua Minh Mạng cử Thượng thư Trương Minh Giảng sung chức Tham tán quân vụ đại thần, cùng với Thảo nghịch Tướng quân là Phan Văn Thúy đem binh vào đánh dẹp.

Tháng 7- 1833, đại quân triều đình thắng trận ở trạm Biên Long và lấy lại tỉnh Biên Hòa, ông được khen thưởng.

Khi về làm Tổng đốc An Hà, Trương Minh Giảng đã góp phần thu hồi 6 tỉnh Nam kỳ, Lê Văn Khôi yếu thế rút vào thành Gia Định cố thủ và cầu viện Xiêm, nhân cơ hội đó quân Xiêm huy động 5 đạo binh tấn công nước ta.